他自幼攻读中医经典，精研外科，临诊经验丰富，倡导“内外治法并重”，创制外科手术器械，诸多发明，立起沉疴；他孝友好善，饶置义宅，赈饥赡族；他修山路，建石桥，筑药王庙。明万历四十五年（1617）著《外科正宗》四卷，以”列症最译，论治最精“著称于世，其中鼻息肉摘除法、气管缝合术、下颌脱臼整复术、脱疽论中截趾术、咽喉和食道异物摘除等手术，为时代之先进外科手术。所述医家”五戒“”十要“不仅为世人称道，亦为世界医学伦理道德所瞩目。陈实功先生逝世于明崇祯九年（1636），享年82岁。南通人民崇敬他，在美丽的濠河边有他的塑像，著名狼山风景区的剑山西北麓树立纪念碑，学习他高尚的医德和刻苦钻研，锲而不舍，与时俱进的革新精神。
陈实功先生之所以能成为明代中医外科宗师，他的体会是”先明儒理，然后习医，或内或外，勤读古书，手不择卷”，并将这句话列为“十要”之首。他阅读的古籍及先贤著作，从诊治效果出发，精研方剂，化裁改良，非常切合临床，并有良好的外用内治效果，其学术经验堪称经典。今循《外科正宗》所载，按年代次序整理如下：
（汉）张仲景《伤寒论》文蛤散、理中汤
《金匮要略》肾气丸（改良方）
（南齐）龚庆宣《刘涓子鬼遗方》大黄汤
（唐）孙思邈《备急千金要方》小续命汤、独活寄生汤等共5方
（唐）王焘《外台秘要》黄连解毒汤
（唐）蔺道人《仙授理伤续断秘方》大成汤、五积散
（宋）陈师文等《太平惠民和剂局方》十全大补汤、黄芪六一汤（改良方）等共15方（其中改良方共6方）
（宋）许叔微《普济本事方》二神丸
（金）刘完素《宣明论方》防风通圣散、知母茯苓汤《素问病机气宜保命集》内疏黄连汤、雄黄散
（南宋）陈言《三因极一病证方论》加味败毒散等共3方
（金）张元素《医学起源》当归拈痛汤《洁古家珍》五倍子散
（南宋）王璆《是斋百一选方》太乙紫金丹（又名紫金锭）
（金）李杲《内外伤辨惑论》补中益气汤《东垣试效方》普济消毒饮《兰室秘藏》龙胆泻肝汤、散肿溃坚汤等共5方
（宋）陈自明《校注妇人良方》四生丸、归脾汤
（宋）严用和《严氏济生方》当归饮子、葶苈散、紫苑茸汤
（金）张璧《云岐山脉诀》黄连泻心汤（改良方）
（元）罗天益《卫生宝鉴》托里温中汤
（元）沙图穆苏《瑞竹堂经验方》内托千金散
（元）齐德之《外科精义》苦参丸（改良方）
（元）杨清叟《仙传外科集验方》冲和膏、回阳玉龙膏
（元）葛乾孙《十药神书》花蕊石散 独参汤
（明）陶华《痈疽神秘验方》竹叶黄芪汤
（明）董宿、方贤《奇效良方》通气散（改良方）
（元）朱震亨《丹溪心法》八珍汤、六郁汤、大腹子散
（明）虞抟《医学正传》荆防败毒散
（明）魏直《痘疹全书博爱心鉴》保元汤（改良方）
（明）薛己《外科发挥》附子六物汤、排脓散等共4方
（明）孙一奎《赤水玄珠》枯矾散（改内服为外用）
（明）李梃《医学入门》内托酒煎汤、内托羌活汤、护心散
（明）万全《幼科发挥》胡麻丸（改良方）
（明）龚信、王肯堂《（王宇泰先生订补）古今医鉴》珍珠散（改良方，又名月白珍珠散）
（明）王肯堂《六科证治准绳》乳香黄芪散、连翘散 人中白散（改良方）
以上各类古籍35种，共78方，占《外科正宗》所载全部方剂422首18.5%。
经过陈氏勘定编入《外科正宗》一书中有许多作为常用方，如肾气丸、十全大补汤、防风通圣散、补中益气汤、归脾汤、独参汤等作为配合外用药内服相得益彰。还有将这些古方分类按病症分型用药，作为某种类型的代表方剂，如黄连解毒汤、加味败毒散、当归拈痛汤、托里温中汤、荆防败毒散、内托羌活汤，归入自创方中形成系列，将中医外科理法方药具有科学性且先进的概念，这是难能可贵的。